Родился 4 сентября 1948 года в г. Днепропетровске. Отец — Насонов Лев Степанович (1900—1987). Мать — Насонова Валентина Александровна (1923—2011), академик РАМН, доктор медицинских наук, профессор, главный ревматолог Минздрава России. Супруга — Насонова Светлана Валентиновна (1954 г. рожд.), кандидат медицинских наук. Дочь — Насонова Анастасия Евгеньевна (1978 г. рожд.).

В 1972 году окончил лечебный факультет 1-го Московского ордена Ленина и ордена Трудового Красного Знамени медицинского института им. И. М. Сеченова.

В 1977 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Нарушение гуморального иммунитета при хронических прогрессирующих заболеваниях печени» (научный руководитель — член-корреспондент АМН СССР З. А. Бондарь). После защиты кандидатской диссертации работал в ЦНИЛ 4-го Главного управления Минздрава СССР младшим, с 1979 года старшим научным сотрудником. С 1986 по 2000 год — руководителем лаборатории клинической иммунологии Института клинической кардиологии им. А. Л. Мясникова АМН СССР / РАМН Всесоюзного кардиологического научного центра АМН СССР / РАМН.

В 1986 году защитил докторскую диссертацию на тему «Циркулирующие иммунные комплексы при заболеваниях внутренних органов». В 1991 году утвержден в ученом звании профессора по специальности «терапия». С 1991 г. по настоящее время на общественных началах заведует кафедрой ревматологии ФППО Московской медицинской академии им. И. М. Сеченова.

В 2000 году избран членом-корреспондентом РАМН по специальности «ревматология».

С 2001 года по настоящее время директор Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Научно-исследовательского института ревматологии имени В. А. Насоновой».

В 2007 году избран действительным членом РАМН по специальности «ревматология».

В 2009 году присвоено почетное звание «заслуженный деятель науки Российской Федерации».

Председатель специализированного диссертационного совета по специальности «ревматология», председатель Научного совета РАН и Минздрава России по ревматологии, заместитель председателя Формулярного комитета Минздрава России, президент Ассоциации ревматологов России, член правления Московского городского научного общества терапевтов, член Американской коллегии ревматологов.

Основные направления научных исследований — иммунопатология ревматических болезней, заболеваний миокарда и атеросклероза, разработка новых методов иммунологической диагностики и подходов к лечению воспалительных заболеваний человека.

Е. Л. Насоновым проведен ряд комплексных работ, позволивших получить новые сведения о характере нарушений иммунитета при воспалительных ревматических заболеваниях, что способствовало формированию современных научных представлений об иммуновоспалительной природе этих болезней.

Особое внимание уделяет изучению иммунных механизмов тромбообразования, роли иммунопатологических процессов в развитии и прогрессировании ревматоидного артрита, системной красной волчанки, системных васкулитов и воспалительных миопатий. Является координатором (от России) нескольких крупных международных исследований (I—III фазы), посвященных оценке эффективности новых противовоспалительных препаратов.

Терапевт широкого профиля. Проводит большую лечебную и консультативную работу, связанную, в частности, с диагностикой иммунных нарушений при заболеваниях сердечно-сосудистой системы и ревматических болезнях.

Эффективно разрабатываются принципиально новые научные направления, касающиеся современных подходов к ранней диагностике и противовоспалительной терапии ревматических болезней^[3], профилактики и лечения остеопороза, роли иммунных нарушений в развитии кардиоваскулярной патологии на модели воспалительных ревматических заболеваний ^[5].

В последние годы принял активное участие в разработке и руководит несколькими национальными программами, поддержанными Президиумом РМН. Целью этих комплексных исследований является разработка клинических, иммунологических и инструментальных методов ранней диагностики и активной фармакотерапии ревматических заболеваний, подходов к снижению риска развития сопутствующих заболеваний (кардиоваскулярная патология, остеопороз, инфекционные осложнения), направленных на снижение нетрудоспособности и летальности при данных заболеваниях.

Под руководством и при консультации Е. Л. Насонова защищены 8 докторских и 36 кандидатских диссертаций.